Die Stadt gliedert sich in zwei Gebiete, das höher gelegene finanzielles Zentrum der moderne Stadt, sowie die Altstadt in unmittelbarer Umgebung des Río Paraná.

Encarnación ist auch Geburtsstadt des früheren Diktators von Paraguay, Alfredo Stroessner.

Die ehemaligen Jesuitenmissionen von La Santisima Trinidad de Paraná und Jesus de Tavarangue, wurde 1993 von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt und liegt in der Nähe der Stadt Encarnación. Zusätzliche Bedeutung gewann der Ort 1854 im Rahmen der Errichtung der Eisenbahnstrecke von Zentralparaguay.